หน้าที่ที่สำคัญยิ่งในความรับผิดชอบของสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร ได้แก่ การเตรียมเสนอและวิเคราะห์นโยบายการเกษตรและแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ ซึ่งมีรัฐมนตรีกระทรวงเกษตรและสหกรณ์เป้นประธานและเลขาธิการของสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรเป็นเลขานุการ ซึ่งคณะกรรมการนี้มีบทบาทกำหนดแผนนโยบายการเกษตรของประเทศ เพื่อให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ พร้อมกันนี้สำนักงานเศรษบกิจการเกษตรยังทำหน้าที่ประสานงานในการกำหนดนโยบายดังกล่าวกับหน่วยงานราชการ รัฐวิสาหกิจ และคณะกรรมการพัฒนาเศรษบกิจและสังคมแห่งชาติ ส่วนหน้าที่อื่นๆ ซึ่งดำเนินการเพื่อเสริมให้บรรลุเป้าหมายของหน้าที่หลักที่กล่าวมา ได้แก่ การวางแผนการผลิตทางการเกษตร กาเก็บรวบรวมข้อมูลทางสถิติการเกษตร และการวิเคราะห์ติดตามและประเมินผลการลงทุนในโครงการเกษตรต่างๆ ในด้านงานวิจัยระบบปลูกพืชหรือทำฟาร์ม ทางสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรได้เน้นหนักเรื่อง การวิเคราะห์ความได้เปรียบเชิงเศรษฐกิจเป็นหลัก โดยคำนึงถึงสภาพความแวดล้อมที่แตกต่างทางธรรมชาติ เศรษฐกิจและสังคม รวมทั้งการยอมรับของเกษตรกร ได้แบ่งชนิดของงานวิจัยออกเป็น 2 ประเภท คือ งานวิจัยที่ดำเนินการเองโดยสำนักงานฯ (มี 5 โครงการ) และที่ร่วมกับหน่วยงานอื่น (มี 5 โครงการ) พร้อมกันนี้ได้เสนอปัญหาและอุปสรรคในการดำเนินงานวิจัยด้านระบบการปลูกพืช/ทำฟาร์มอีกด้วย