การประเมินสภาวะความเสื่อมโทรมของทรัพยากรจากการใช้ประโยชน์ที่ดิน ในพื้นที่ลุ่มน้ำย่อย ได้นำสมการการสูญเสียดินสากล (Universal Soil Loss Equation : USLE) มาประยุกต์ใช้ในการประเมินสภาพความเสื่อมโทรมของทรัพยากรที่ดินเชิงพื้นที่ โดยการประมาณค่าจะคำนึงถึงการเคลื่อนย้ายของตะกอนที่ออกจากพื้นที่ การประมาณค่าการสูญเสียดินดำเนินการโดยใช้โปรแกรมการประเมินการสูญเสียดินสุทธิ “WaTEM/ SEDEM” โดยนำปัจจัยการเรียงตัว (Landscape Structure) ของการใช้ประโยชน์ที่ดิน และตำแหน่งของแหล่งน้ำบนผิวดิน มาร่วมประเมินการไหลของน้ำอย่างต่อเนื่อง เพื่อกำหนดลักษณะการเคลื่อนย้ายของตะกอน (Sediment Transport Index) ในพื้นที่ ซึ่งสามารถระบุตำแหน่งที่มีการพังทลายดิน (Erosion) และการทับถม (Deposition) ของตะกอน ตลอดจนสามารถประมาณตะกอนที่ออกสู่พื้นที่ลุ่มน้ำสาขาได้ โดยคำนึงถึงผลกระทบของฝายและเขื่อนต่อการกักเก็บตะกอนด้วย จากการศึกษาค่าความเสี่ยงของความเสื่อมโทรมของทรัพยากรดินภายในลุ่มน้ำสาขา พบว่า ลุ่มน้ำสาขาที่มีค่าต่ำที่สุดคือ ลุ่มน้ำวังตอนล่างและลุ่มน้ำแม่แจ่มตอนล่าง ส่วนลุ่มน้ำที่มีค่าสูงที่สุดมีหลายลุ่มน้ำได้แก่ น้ำแม่ลิด แม่โขงตอนบน น้ำแม่จัน แม่โขงส่วนที่ 2 แม่น้ำแม่แตง น้ำแม่แจ่มตอนล่าง น้ำแม่ตื่น แม่น้ำวังตอนล่าง และน้ำแม่เงา เมื่อพิจารณาจากค่าเฉลี่ยของการประเมินการสูญเสียดิน พบว่าลุ่มน้ำที่มีค่าเฉลี่ยอยู่ในเกณฑ์ต่ำได้แก่ ลุ่มน้ำแม่ลาว น้ำแม่ตุ๋ย น้ำงาว แม่น้ำยมตอนบน น้ำแม่กลาง น้ำแม่ต๋ำ แม่น้ำวังตอนล่าง แม่น้ำวังตอนบน และน้ำแม่สรวย ลุ่มน้ำ สาขาดังกล่าวเป็นลุ่มน้ำที่มีความเสี่ยงต่อการชะล้างพังทลายของดินสูง