ในการวางแผนการวิจัย เพื่อพัฒนาระบบการเกษตรในชนบทนั้น สิ่งหนึ่งที่นับว่ามีความสำคัญเป็นอย่างยิ่งคือ การจัดลำดับความสำคัญของปัญหาที่จะนำไปวิจัยและทดสอบ ทั้งนี้เพราะในระบบการเกษตรหนึ่ง ๆ นั้น มักมีปัญหาอยู่หลายด้าน และปัญหาต่าง ๆ เหล่านี้ มักมีความสัมพันธ์เชื่อมโยงเกี่ยวเนื่องกัน โดยที่ปัญหาหนึ่งอาจเป็นผลมาจากอีกปัญหาหนึ่งก็ได้ ดังนั้นในการที่จะแก้ปัญหาต่าง ๆ ให้หมดไป จำเป็นต้องหาทางแก้ไขปัญหาที่เป็นสาเหตุของปัญหาอื่นๆ ให้หมดไปก่อนเป็นอันดับแรก หลังจากนั้นค่อยหาทางแก้ไขปัญหาที่เป็นผลจากปัญหานั้นต่อไป หรือในบางกรณีการแก้ไขปัญหาต้นเหตุให้หมดไปปัญหาอื่นที่เป็นผลก็อาจจะหมดไปหรือเบาบางลงได้เอง แต่ในทางตรงกันข้าม การพยายามแก้ไขปัญหาที่เป็นผลมาจากปัญหาอื่นๆ โดยไม่ได้แก้ปัญหาที่เป็นต้นเหตุก่อนก็ยากที่จะประสบความสำเร็จได้ และยังอาจก่อให้เกิดปัยหาอื่นๆ ตามมาได้อีกด้วย จากการศึกษาระบบการเลี้ยงโค-กระบือขแงบ้านบอน จังหวัดศรีสะเกษ ของโครงการวิจัยระบบการทำฟาร์ม คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น (พงษ์ชาญ และคณะ, 2528) พบว่า หมู่บ้านนี้เคยมีกิจกรรมการปลูกพืชน้อย แต่มีโค-กระบือเป็นจำนวนมาก แต่ต่อมาเมื่อมีกิจกรรมการปลูกพืชเพิ่มมากขึ้นจำนวนโค-กระบือกลับลดน้อยลง และมีหลักฐานส่แสดงให้เห็นว่า การลดลงของจำนวนโค-กระบือจะก่อให้เกิดผลเสียต่อระบบการเกษตรของหมู่บ้านนี้ได้เป็นอย่างมาก ดังนั้นกรณีระบบการเกษตรของบ้านบอนจึงเป็นตัวอย่างที่ดีในการทดสอบถึงแนวทางการแก้ปัญหาเพื่อรักษาสมดุลย์ระหว่างระบบย่อยต่างๆ ในระบบการเกษตร