บทบาทที่สำคัญของสถาบันเกษตรกร คือการประสานการผลิตในแนวนอน (Horizontal integration) ซึ่งหมายถึงการร่วมมือกันในการผลิตซึ่งอยู่ในระดับเดียวกันเข้าด้วยกัน ทั้งนี้ สมาชิกทุกคนจะต้องทำข้อตกลงกับสถาบันเกษตรกรในลักษณะ Contract farming ซึ่งจะทำให้สถาบัน เกษตรกรมีอำนาจในการต่อรองในเรื่องราคาและเงื่อนไขอื่นในการซื้อขายผลผลิต และปัจจัยการผลิตกับพ่อค้าหรือผู้ที่จะมาทำข้อตกลง สถาบันเกษตรกรจะเป็นตัวแทนในการขายและควลบคุมการผลิตปัจจุ บัน สถาบันเกษตรยังขาดอำนาจ่ต่อรองดังกล่าว เนื่องจากเงื่อนไขต่าง ๆ ที่กล่าวข้างต้นมิได้ถูกนำไปปฎิบัติ ในทางตรงข้าม ภาคเอกชนได้นำแนวทางดังกล่าวไปปฎิบัติโดยทำ Contract farming กับเกษตรกรโดยตรงไม่ผ่านสถาบันเกษตรกร ทำให้เกษตรกรและสถาบันเกษตรกรสูญเสียอำนาจในการต่อรองในด้านต่าง ๆ เกษตรกรอยู่ในฐานะคล้ายกับลูกจ้างและมีแนวโน้มที่จะถูกเอารัดเอาเปรียบมากขึ้น นอกจากสถาบันเกษตรกรจะขาดการประสานการผลืตในแนวนอน (Horizontal integration) แล้วยังขาดการประสานการผลิตในแนวตั้ง (Vertical integration) คือการร่วมมือกันในการผลิต ซึ่งอยู่ในระดับที่ ต่างกันเข้าด้วยกัน โดยสถาบันเกษตรกรต่างระดับกันต้องทำข้อตกลงกันประสานและร่วมมือกันในด้าน การผลิตให้สอดคล้องกัน ทำให้สถาบันเกษตรกรมีอำนาในการต่อรองด้านการจัดซื้อปัจจัยการผลิต การขายผลผลิตที่จะนำปสู่การเพิ่มมูลค่าผลผลิตให้กับสมาชิกมากยิ่งขึ้น แต่การดำเนินงานสถาบันเก๖รกรตลอดระยะเวลาที่ผ่านมาประสบปัญหาต่าง ๆ มากมายทั้งทางตรงและทางอ้อม โดยเฉพาะการรวมตัวดำเนินงานธุรกิของสถาบันยังขาดการประสานงานต่อเนื่อง ปัญหาการบริหาร การจัดการ การเงิน และการทำธุรกิจ นอกจากนั้นในทางการผลิตนอกจากจะผันแปรไปตามฤดูกาลแล้วยังขึ้นอยู่กับสถานการณ์การผลิตของโลกด้วย ดังนั้นเมื่อสถาบันเกษตรกรซึ่งถือว่าเป็นหน่วยการผลิตจะต้องมีเป้าหมายการผลิตให้สอดคล้องกับภาวะการผลิตและการตลาด ซึ่งในส่วนนี้จะเป็นที่จะต้องอาศัยผู้กำหนดนโยบานและมาตรการที่จะให้เกิดการจัดสรรทางการผลิตให้กับองค์กรของเกษตรกรเห่านี้ การให้การสนับสนุนและเพิ่มขึดความสามารถให้กับการดำเนินงานสถาบันเกษตรกรจึงมีความจำเป็นมากขึ้น เนื่องจากภาวะการณ์ปัจจุบันมาตรการทางการค้าระหว่างประเทศได้มีบทบาทที่จะส่งผลโดยตรงกัสถาบันเกษตรกร ดังนั้นเพื่อให้สถาบันเกษตรกรมีการพัฒนาให้ทันกับสภาวะการเปลี่ยนแปลง จึงจำเป็นที่จะต้องพิจารณาสถานการณ์ที่เป็นอยู่เพื่อจะได้มีการกำหนดทิศทางให้การสนับสนุน การกำหนดมาตรการแก้ไขสารบัญญัติต่าง ๆ ที่เป็นอุปสรรคต่อการดำเนินงานที่ผ่านมา ในขณะเดียวกันการกำหนดกฎเกณฑ์ต่าง ๆ เพื่ออำนวยการดำเนินงานของสถาบันเกษตรกรก็นับว่าเป็นปัจจัยที่จำเป็น