ปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินกิจกรรมทางการเกษตร มีทั้งปัจจัยทางกายภาพ ชีวภาพเศรษฐกิจ และสังคม ปัจจัยเหล่านี้มีปฏิสัมพันธ์ซึ่งกันและกัน ทำให้ระบบเกษตรเป็นระบบที่ซับซ้อนการใช้เเนวทางเชิงระบบในการวิจัยและพัฒนาการเกษตร จึงได้รับการยอมรับว่าเป็นเรื่องจำเป็น ในอนาคต การผลิตทางการเกษตรจะต้องคำนึงถึงการอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติควบคู่กันไปด้วย ขณะเดียวกัน การแข่งขันทางการตลาดที่สูงขึ้น และการเปลี่ยนแปลงรูปแบบของการกีดกันทางการค้า จะยิ่งทำให้การพัฒนาการเกษตรมีความสลับซับซ้อนมากขึ้น การใช้แนวทางเชิงระบบจึงยิ่งมีความจำเป็นมากขึ้นด้วยงานวิจัยระบบการทำฟาร์ม ( Farming Systems Research - FSR ) เป็นแนวทางการวิจัยเกษตรเชิงระบบที่ใช้กันแพร่หลายมากที่สุดในช่วง 20 ปีเศษที่ผ่านมา แม้ว่า FSR จะมีบทบาทสำคัญในการกระตุ้นการใช้แนวทางเชิงระบบ และก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทั้งแนวคิด และ ทัศนคติของนักวิจัยและแนวทางการวิจัยและพัฒนาการเกษตร แต่สัมฤทธ์ผลในแง่ของเทคโนโลยีที่เกษตรกรยอมรับ มีต่ำกว่าความคาดหวังมาก ปัญหาของ FSR ที่ผ่านมา ได้แก่ ปัญหาในเรื่องความอ่อนแอขององค์กร คุณภาพของการดำเนินงาน การแยกหน่วยงานที่ดำเนิน'งาน FSR ออกมาจากหน่วยวิจัยด้านอื่น ขาดการเชื่อมโยงกับฝ่ายส่งเสริม และไม่ได้ให้ความสำคัญกับการวิจัยเชิงนโยบาย รวมทั้งการมุ่งเน้นเกษตรกรรายย่อยที่ขัดสนและสภาพไม่เอื้ออำนวย ก็ทำให้ยากในการพัฒนาเทคโนโลยีใหม่ที่จะให้ผลแตกต่างจากเดิมอย่างชัดเจน และในหลายกรณี เทคโนโลยีแต่เพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอที่จะทำให้เกษตรกรกรยอมรับไปใช้อย่างแพร่หลาย อย่างไรก็ตาม FSR ก็ยังทำให้กรอบการดำเนินงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรและการจัดการทรัพยากรธรรมชาติ ที่มีพื้นฐานหลักการที่สมเหตุสมผล ในระยะหลังนี้ ในภาพรวมดูเหมือนว่าความนิยมในงานวิจัยระบบการทำฟาร์มจะจางหายไป โดยมีกระแสของเกษตรยั่งยืนเข้ามาแทนที่ แต่งานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเชิงระบบมิได้หยุดนิ่ง ยังมีการดำเนินการอยู่อย่างต่อเนื่อง แต่ภายใต้ชื่ออื่น และวิธีการวิจัยเชิงระบบ (system research methodologies) ยังได้พัฒนาก้าวหน้าไปมาก วิธีการเหล่านี้จำแนกได้เป็นสามกลุ่มใหญ่ ๆ คือ การพัฒนากรอบและเครื่องมือช่วยแนวคิดและช่วยการวิเคราะห์สำหรับการวิเคราะห์เชิงคุณภาพ วิธีการในการมีส่วนร่วมของผู้ที่เกี่ยวข้องโดยเฉพาะเกษตรกร และแบบจำลองเชิงปริมาณและการใช้ระบบสารสนเทศทางภูมิศาสตร์ ถ้าได้มีการนำวิธีการเหล่านี้ไปใช้อย่างแพร่หลายและอย่างมีประสิทธิภาพภายใต้กรอบของ FSR ก็จะสามารถเพิ่มประสิทธิภาพและประสิทธิผลชอง FSR ได้อย่างมาก แต่ก็ยังมีงานวิจับเพิ่มเติมที่ต้องการอีกหลายด้าน โดยเฉพาะในด้านการพัฒนาแบบจำลองระบบฟาร์มที่มีการดำเนินกิจกรรมหลาย ๆ อย่างและการผนวกมิติทางเศรษฐกิจและสังคมเข้าไปในแบบจำลอง