การวิจัยระบบการทำฟาร์ม เป็นแนวทางการวิจัยในไร่นาที่เหมาะสม เพราะมีปรัชญา เป้าหมาย และขั้นตอนการดำเนินงานที่ชัดเจน มีเครื่องมือในการวิเคราะห์ปัญหา และมีการเชื่อมโยงของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้อย่างเหมาะสม กรมวิชาการเกษตรโดยสถาบันวิจัยการทำฟาร์ม(ในอดีต) ได้ใช้หลักการของวิจัยระบบการทำฟาร์ม เป็นแนวทางการวิจัยระบบการปลูกพืชและระบบเกษตรแบบผสมผสานในไร่นาเกษตร โดยระบบการปลูกพืชได้เริ่มดำเนินการที่อำเภแม่ใจและอำเภอดอกคำใต้ จังหวัดพะเยา ทำการวิจัยตามประเด็นปัญหาที่ได้จากการวิเคราะห์ระบบนิเวศเกษตร ที่อำเภอดอกคำใต้ เป็นพื้นที่อับฝน มีปัญหาเรื่องการปลูกข้าวและเรื่องแรงงาน จึงได้นำเทคโนโลยีการทำข้าวนาหญอดด้วยเครื่องหยอดแบบล้อจิกไปทดสอบ พบว่า สามารถแก้ปัญหาได้ ต่อมาได้มีการทดสอบการปลูกถั่วเขียวก่อนการปลูกข้าว ปรากฏว่าได้ผลดี โดยเริ่มจากปี 2528 มีพื้นปลูกถั่วเขียวจำนวน 60 ไร่ จนถึงปี 2533 มีพื้นที่ปลูกถั่วเขียวเพิ่มขึ้นถึง 8,600 ไร่ ส่วนอำเภอแม่ใจปริมาณน้ำฝนดี มีการปลูกข้าวเพียงครั้งเดียว เกษตรกรต้องการเพิ่มการปลูกพืช ได้ทำการทดสอบระบบการปลูกพืช 3 ระบบ ปรากฏว่าเกษตรกรต้องการระบบถั่วเขียว-ข้าว โดยในปี 2526 มีพื้นที่ปลูกถั่วเขียวก่อนข้าว 6 ไร่ และได้เพิ่มพื้นที่ปลูกเป็น 375 ไร่ ในปี 2529 หลังจากนั้น พื้นที่ปลูกถั่วเขียวได้ลดลงจนไม่มีผู้ปลูก เนื่องจากเกษตรกรไปทำกิจกรรมออื่นที่มีรายได้ดีกว่าการปลูกถั่วเขียว ส่วนระบบเกษตรผสมผสาน ได้ทำการทดสอบการเลี้ยงปลาในนาข้าวที่เขตปฏิรูปที่ดินเพื่อการเกษตรจังหวัดพิจิตร เป็นเวลา 6 ปี มีความเป็นไปได้ทางวิชาการ แต่ไม่สามารถขยายผลงานวิจัยได้ เนื่องจากมีข้อจำกัดหลายอย่าง ประสบการณ์จากการดำเนินงานวิจัยและพัฒนาระบบการทำฟาร์ม ชี้ให้เห็นชัดเจนว่า องค์ประกอบทางด้านเศรษฐกิจและสังคม รวมทั้งระบบสนับสนุนต่าง ๆ มีส่วนสำคัญเป็นอย่างยิ่งต่อการยอมรับและการแพร่กระจายของเทคโนโลยี และในการดำเนินงานที่ผ่านมา ในหลายกรณีที่การดำเนินงานไม่ได้เป็นไปตามหลักการที่แท้จริงของการวิจัยระบบการทำฟาร์ม ด้วยเหตุผลหลายประการ ทำให้กรณีเหล่านั้นไม่ประสบผลสำเร็จ ในปัจจุบัน สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 1-8 ของกรมวิชการเกษตร ยังยึดหลักการของการวิจัยระบบการทำฟาร์ม เป็นแนวทางในการวิจัยและพัฒนาในไร่นาเกษตรกร แต่ยังมีปัญหาในทางปฏิบัติเนื่องจากบุคลากรรุ่นใหม่ยังขาดความรู้และประบการณ์ในเรืาองการวิจัยระบบการทำฟาณ์ม และความร่วมมือของนักวิช7 าการจากหน่วยงานต่าง ๆ ไม่สามารถทำได้เหมือนก่อน จำเป็นต้องปรับปรุงขีดความสามารถของบคุลากรของสำนักฯ โดยการฝึกอบรมโดยเฉพาะในเรืาองการวิจัยระบบการทำฟาร์ม